本报讯 日前，由中国水产科学研究院生物技术研究中心、黑龙江水产研究所和中科院北京基因组研究所共同实施的“鲤鱼基因组计划”新闻发布会在北京举行。

鲤鱼全基因组测序结果不仅对鲤鱼基因组辅助育种技术、快速培育抗病、抗逆、优质、高产的优良品种奠定了重要基础，而且对鲤科鱼类物种进化和种类分化的阐明具有重要的理论价值。

2009年底，中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所携手中科院北京基因组研究所启动了“鲤鱼基因组计划”，目前完成了鲤鱼基因组框架图谱、鲤鱼基因组物理图谱和高密度连锁图谱等结果。

据介绍，鲤鱼基因组的测序和装配要比多数鱼类难度大，而“鲤鱼基因组计划”通过特殊的样品制备，采用全基因组鸟枪法测序（WGS）等多种测序策略，和层次组装等多种装配策略，克服了技术困难。

北京基因组研究所副所长于军介绍说，此次发布的鲤鱼图谱，是以中国养殖最广的鲤鱼品种的纯系单个个体为研究对象，测定了超过100倍覆盖率的高质量数据。其中，使用罗氏/454测序平台完成7倍鲤鱼基因组测序量，使用Illumina测序平台完成约90倍鲤鱼基因组测序量，使用SOLiD平台完成约30倍鲤鱼基因组测序量。经过WGS数据拼接和组装等多种技术途径，鲤鱼基因组图目前已基本完成。鲤鱼基因组大小约为1.9Gb, 拼接组装所获得的Scaffold N50的长度为404kb。

该研究还产生了约7万个鲤鱼BAC文库末端片断、166万条表达序列片断和由8万多个BAC克隆得到的物理图谱。经比较发现，框架图分别覆盖了96.5%的BAC文库末端序列、96.2%的表达序列标签和95%的物理图谱。这些数据表明了鲤鱼框架图结果的高可靠性。

212.1万个基因转录序列中，有211.7万个序列在装配的基因组中存在，从而证实所装配的基因组框架图包含了鲤鱼功能基因（转录成分）的99.8%以上。装配图中的基因覆盖度分析与模式生物斑马鱼基因组研究结果一致。鲤基因组框架图和转录组资源的建立，提供了快速获得功能基因的信息平台，不管从任何物种的基因序列，或从鲤科鱼类任何发育时期、任何组织获得的EST碎片出发，人们都能获得完整的目标基因。

中国水产科学研究院研究员孙效文介绍，鲤鱼基因组框架图与高密度遗传连锁图的完成，使全基因组序列的装配结果与高密度连锁图谱整合形成了初步的鲤基因组完成图，获得经济数量性状基因的技术平台也已搭建成功。

（2011-06-06）
    
    本栏目编辑助理 叶沈俏