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生命科学学院程磊-肖璟团队在Scientific Data发文构建全球湿地微生物宏基因组数据库

发布时间:2026-06-23来源:生命科学学院作者:11

湿地作为水陆交互作用形成的独特生态界面,是陆地生态系统不可分割的组成部分。湿地生态系统不仅提供关键的生态服务功能,还在全球生物地球化学循环与气候调节中发挥重要作用。其中,微生物在驱动湿地生态系统元素循环过程中具有不可替代的功能。然而,现有关于湿地微生物的数据集仍受到高度碎片化的制约:分析流程不统一,且相关数据大多缺乏高分辨率环境元数据的关联。这种标准化程度的不足,严重限制了不同样点之间的可比性,也阻碍了关于微生物遗传潜力与环境约束条件二者关联的一般性研究。

近期,生命科学学院程磊-肖璟团队在Scientific Data在线发表题为“An integrated global resource of wetland microbiomes linking environmental metadata, community profiles, and genome-resolved metabolic traits”的研究论文。该研究基于课题组积累的全国湿地微生物群落数据,整合多源数据,在统一的标准化流程下开展数据质控、组装、注释及代谢潜能解析,最终构建了一个涵盖环境元数据、群落特征及基因组解析代谢性状的全球湿地宏基因组数据库GWM。

GWM整合了来自全球957个不同采样点1962个样本的微生物数据,包括129个由课题组实地采集的样本,以及从NCBI与NGDC公共数据库检索获得的1833个湿地样本。GWM中详细记录了每个样本的环境背景、采样流程、测序方法和分类学群落图谱。在此基础上,GWM进一步收录了源自全球251个样本的5704个宏基因组组装基因组的序列、物种与基因注释信息,并解析了每个宏基因组组装基因组在549个KEGG modules中的代谢潜力。此外,为便于数据资源的检索与共享,GWM还构建了一个高效且用户友好的在线平台(https://chenglab.zju.edu.cn/),支持多维筛选、可视化展示及原始数据下载等功能。

浙江大学生命科学学院为论文第一作者和通讯作者单位,课题组博士研究生魏宇翔为本文第一作者,程磊教授为该论文的通讯作者,浙江大学肖璟研究员、博士生何俊攀、张凯杭博士后和浙江农林大学徐陈超教授等作为共同作者参与了此项工作。研究得到了国家自然科学基金、浙江省自然科学基金、教育部以及植被全重相关项目等资助。